公司扣工资应先协商，协商无果可举报或申请仲裁。依据《劳动法》，扣工资需先与雇主沟通，沟通无果可向劳动监察大队举报或申请劳动仲裁，未及时处理可能导致合法权益受损。
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处理方式如下：1. 尝试与雇主沟通解决；2. 沟通无果，收集证据向劳动监察大队举报；3. 举报无果，向劳动仲裁庭申请仲裁，按要求提供必要材料；4. 仲裁不服，可依法提起诉讼，维护自身合法权益。
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处理此类问题常见方式为协商、举报或仲裁。建议先尝试与老板协商，协商无果再到劳动监察大队举报，或向劳动仲裁庭申请仲裁，根据具体情况选择处理方式。